Octubre 2024
Investigadores producen: notas de laboratorio, apuntes, informes técnicos, artículos científicos…
Muchas tareas (con diferentes herramientas) para realizar un documento.
Archivo maestro (.doc) + figuras + tablas + fórmulas + resultados…
Proceso de creación de documentos científicos:
Proceso de creación de documentos y artículos científicos
Método científico: publicación de investigaciones mostrando resultados.
Ejemplos:
Se confiaba en los datos, condiciones, métodos y herramientas de análisis
Con las herramientas actuales se pueden comprobar los resultados
¡¡¡SORPRESA!!! Los resultados en áreas como Medicina no eran fiables => CRISIS DE CONFIANZA
Evolución del número de publicaciones científicas retractadas o retiradas por diversas causas.
Su significado depende del área en la que nos encontremos.
Reproducibilidad: capacidad para recuperar los resultados de un análisis, utilizando los mismos datos que el análisis original y siguiendo el mismo flujo de operaciones.
Replicabilida: capacidad de realizar un análisis con el mismo objetivo pero sobre datos diferentes.
Según los elementos publicados por los autores y el nivel de detalle:
Sistemas de control de versiones para código sw (SCV):
Virtualización de sw y contenedores:
Control de versiones de datos:
Gestión de modelos y experimentos: herramientas que permiten la organización, seguimiento, comparativa y selección de los experimentos y modelos utilizados.
Creación y gestión de pipelines de procesamiento de datos:
Creación de documento dinámicos y reproducibles (informes, presentaciones, libros, sitios web, etc.)
Evolución de RMarkdown
Ventaja: trabajar con múltiples lenguajes (R, Python, Julia…)
Documentos individuales:
Documentos individuales:
Libros:
Colección de documentos.
Quarto books: libros estructurados en capítulos y secciones.
Artículos y publicaciones
rticles: plantillas para generar artículos científicosPresentaciones
reveal.js), Beamer o PPTX.Sitios web
Dashboards
Opción por defecto de salida en Quarto.
Se puede visualizar en cualquier navegador.
Ventajas:
koma-script.Documento individual = documento autocontenido
texto formateado + código ejecutable
Necesarios los paquetes:
Opciones básicas para HTML con Quarto
Lista completa de opciones HTML con Quarto
Opciones de salida PDF:
documentclass)Énfasis:
Listas: con - o *
Tablas:
| separar columnas- seprar filas:- alinear a la izquierda-: alinear a la derecha:-: centrar.: Caption {#tbl-etiqueta .(efectos)}Imágenes o figuras:
-
{width=w height=h}{fig-align="right"}. Por defecto, centrada.{#etiqueta}Fórmulas:
$formula$$$formula$$Formato salida:
HTML por defecto
Varios formatos simultáneos.
Render
Por defecto: navegador web o panel de RStudio
Podemos cambiarlo
Renderembed-resources: trueLos resultados se integran en el documento
Soporte para varios lenguajes
Configuraciones de salida para los chunks:
#| echo: false: no se muestra el código#| eval: false: no se evalua el código#| error: false: no se muestran los errores#| warning: false: no se muestran las advertencias#| output: false: no se muestra la salida#| label: etiqueta: asocia etiqueta al bloque de código y se puede referenciar#| fig-cap: texto: añade un pie de texto al resultado#| cache: true: guarda en cache los resultados#| message: true: se incluyen los mensajes de información generados#|fig-width: ancho y #|fig-height: altoOpciones de configuración para las figuras
fig-width: ancho de la figurafig-height: alto de la figurafig-cap: caption de la figurafig-alt: texto alternativofig-dpi: resolución de la figura## Título de seccion {#sec-etiqueta}
En el texto añadimo una referencia a la @sec-etiqueta
Escluir una sección del esquema de numeración
## Título de seccion {.unnumbered}
Más opciones para las gestión de secciones:
anchor-sections: enlace de anclado cuando se pasa el ratón por encimatoc-depth: hasta que nivel de profundidad de la numeración aparecetoc-location: body | left | right | left-body | right-body: ubicación en la está la tabla.toc-title: título de tablatoc-expand: expandir o nonumber-depth: profundidad máxima de numeración de las secciones (en consonancia con toc-depth)number-offsetp: ajustar el número por el que se empieza